因为你这是两个设备且是两个引导，一个是本地设备加本地引导，另一个是U盘加优盘上的引导。
如果要在开机的时候出现系统选择菜单，就要在同一个引导的同一个BCD菜单下的两个或者多个系统才可以出现系统选择菜单。
不过你的情况要出现可选菜单也可以，现在的电脑一般都是按F12，然后选择你要启动的设备，其实这样更好，平时默认一个常用的设备如本地硬盘为优先，那么默认就进本地系统，如果要进优盘的WTG或者PE就按F12选择你的优盘，这样其实更方便智能。
甚至如果你是UEFI启动，那么可以在本地硬盘的尾部再创建一个ESP(EFI系统分区)，然后把PE解压进去，然后要进这个PE的时候就启动时按下F12也可以选择从这个靠后的ESP启动PE，这样是不是就省了单独用一个优盘来安装PE呢？
系统菜单不会显现，根本不在一个盘，只有选择不同启动盘，但是内置多系统可以在pe里面用ntbootfix修复引导 菜单，就会出现多系统菜单，不用每次选择启动盘,这个wtg没搞过不清楚,而且ntbootfix是否支持也不确定